Biotecnología

Proponen un nuevo sistema de nombres para bacterias y arqueas no cultivadas.

El sistema actual de clasificación de organismos unicelulares solo acepta que se nombren nuevas especies de bacterias y arqueas si al menos uno de sus representantes ha crecido en el laboratorio en forma de monocultivo y si son accesibles para la comunidad científica. Este problemático requisito para los procariotas de la naturaleza es ahora rebatido en un artículo que propone un nuevo código de nomenclatura que sustituya al actual.

Un Consorcio Internacional de Científicos, del cual forman parte varios investigadores del Centro de Astrobiología (CAB, CSIC-INTA), ha propuesto la creación de un nuevo sistema de nombres para bacterias y arqueas que no se pueden cultivar en el laboratorio. La declaración ha sido respaldada por 119 microbiólogos de todo el mundo.

Las bacterias y las arqueas (organismos unicelulares que carecen de núcleos celulares) constituyen dos de los tres dominios de la vida en la Tierra, y se nombran de acuerdo con el Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas (ICNP; el Código). 

En la actualidad, el Código solo reconoce especies que pueden cultivarse a partir de cultivos en laboratorios, un requisito que durante mucho tiempo ha sido problemático para los microbiólogos que estudian bacterias y arqueas en la naturaleza.

Desde la década de 1980, los microbiólogos han utilizado técnicas de secuenciación genética para muestrear y estudiar el ADN de microorganismos directamente desde el medio ambiente, a través de diversos hábitats que van desde los océanos helados de la Tierra hasta las minas subterráneas profundas y la superficie de la piel humana. 

Para la gran mayoría de esta especie, todavía no existe un método para cultivarlas en un laboratorio y, por lo tanto, de acuerdo con el Código, no se pueden nombrar oficialmente.

«Ha habido un aumento en los últimos años en los descubrimientos basados ​​en el genoma de arqueas y bacterias recolectadas del medio ambiente, pero no hay un sistema establecido para nombrarlos formalmente, lo que está creando mucho caos y confusión en el campo», dijo Alison Murray, Profesor de Investigación de Biología en el Desert Research Institute (DRI) en Reno (EE. UU.). «Poder representar la diversidad de los organismos no cultivados conocidos por sus secuencias genómicas en un lenguaje común es increíblemente importante».

En un artículo publicado en la revista Nature Microbiology, Murray y sus colaboradores, incluidos los microbiólogos del Centro Español de Astrobiología, presentan las razones para actualizar las regulaciones existentes para nombrar nuevas especies de bacterias y arqueas, y proponer dos posibles caminos a seguir.

Como primera opción, el grupo propuso revisar formalmente el Código para incluir la batería y las arqueas no cultivadas representadas por la información de la secuencia de ADN, en lugar de las muestras de cultivo vivo que se requieren actualmente. 

Como alternativa, proponen crear un sistema de nombres completamente específico para los organismos no cultivados que podrían fusionarse con el Código en algún momento en el futuro.

En microbiología ambiental, y en particular en Astrobiología, la secuenciación de ADN extraída de rocas de las profundidades de la Tierra, de costras de sal o bloques de glaciares helados, se utiliza para comprender la biodiversidad y los metabolismos microbianos y su relevancia en los ciclos biogequímicos. 

Para Victor Parro, investigador del CAB y coautor de la publicación, «la mayoría de estos microorganismos no se puede cultivar en el laboratorio, pero podemos conocer su genoma e inferir sus capacidades metabólicas. Sabemos que están allí, cómo se ven y qué hacemos, y queremos registrarlo con un nombre que todos entendemos».

El siguiente paso, dice Murray, es idear una estrategia de implementación para avanzar con uno de los dos planes propuestos, al tiempo que involucra a los muchos microbiólogos que contribuyeron a este consenso y a otros en todo el mundo que quieren ayudar a ver este cambio promulgado. Hasta ahora, muchos han estado ansiosos por participar.

Mayor información: Alison E. Murray, John Freudenstein, […] Anna-Louise Reysenbach. «Roadmap for naming uncultivated Archaea and Bacteria». Nature Microbiology, Published: 08 June 2020.

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