La revelación de un linaje humano desconocido en Colombia está redefiniendo la historia del poblamiento americano. Por primera vez, secuencias genómicas antiguas demuestran que, hace aproximadamente 7.000 años, en el Altiplano Cundiboyacense habitó una población genéticamente distinta a cualquier otra conocida en Sudamérica. Según el estudio publicado en Science Advances, estos cazadores‑recolectores formaban una rama basal que no dejó descendientes directos en las comunidades indígenas actuales.
El hallazgo procede de la localidad arqueológica de Checua, al norte de Bogotá, donde siete individuos del periodo Precerámico conservaron fragmentos de ADN en hueso petroso y dientes. La comparación con más de un millón de marcadores genéticos reveló una firma única, alejada de otros linajes identificados en Chile, Brasil o la Amazonía. Esta evidencia sugiere que la diversidad humana temprana en la región andina fue mucho mayor de lo que se pensaba.
Más allá de la curiosidad académica, conocer este linaje olvidado arroja luz sobre la dinámica de migraciones, sustituciones y mezclas que moldearon la identidad genética de los pueblos colombianos. Además, abre nuevas preguntas sobre la relación entre transformaciones culturales —como la introducción de la cerámica Herrera— y los movimientos de población que se produjeron en el Holoceno medio y tardío.
Un pasado genético más diverso de lo pensado
Hasta ahora, los estudios genómicos sugerían dos grandes oleadas fundadoras en Sudamérica: una relacionada con el individuo Clovis de Montana y otra vinculada a pobladores de las islas del Canal de California (Posth et al., 2018). Sin embargo, el nuevo linaje humano desconocido en Colombia no encaja en ninguno de esos escenarios. De acuerdo al estudio publicado en Science Advances, comparte afinidad con la radiación inicial que dio origen a la mayor parte de los nativos sudamericanos, pero se separó muy pronto y evolucionó de forma aislada.
Los investigadores utilizaron estadísticas f3 y f4 para medir la deriva genética compartida. Los resultados muestran que los individuos de Checua no presentan proximidad significativa ni con Anzick‑1 ni con los antiguos habitantes del sur andino. Tampoco comparten señales con poblaciones modernas, lo que indica que su huella se perdió tras un proceso de reemplazo demográfico ocurrido entre 6.000 y 2.000 años atrás.
Esta diversidad temprana apoya la idea de que el norte de los Andes actuó como un corredor, pero también como un callejón sin salida para algunos grupos que no lograron dejar descendencia. Las oscilaciones climáticas, los cambios en la dieta y la llegada de nuevas tecnologías habrían contribuido a la desaparición o absorción de este linaje.
El hallazgo en el Altiplano Cundiboyacense
El Altiplano, a más de 2.600 m de altitud, es clave para entender la conexión entre Mesoamérica, la Amazonía y los Andes. Los yacimientos de Checua y Laguna de la Herrera documentan un tránsito cultural desde cazadores‑recolectores móviles hasta sociedades hortícolas que introdujeron el maíz y la cerámica. No obstante, la genética revela que esa continuidad aparente en la cultura ocultó una sustitución casi total de la población.
Según el artículo publicado por Krettek et al. (2025), los genomas de individuos datados hace 2.000 años —relacionados con la cerámica Herrera— ya no contienen la señal del linaje humano desconocido en Colombia. En su lugar, aparecen componentes genéticos vinculados con hablantes de lenguas chibchanas del istmo centroamericano, como los actuales cabécares de Costa Rica.
Este reemplazo coincide con evidencias arqueobotánicas de la expansión del maíz y cambios en la dieta. De tal forma, el movimiento de ideas habría ido acompañado de migraciones reales, no solo de difusión cultural. La posteridad de esos portadores chibchanos persiste hasta la época muisca y aún se detecta en poblaciones indígenas del Cauca y la Sierra Nevada de Santa Marta.
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Cómo se detectó el linaje oculto
La investigación analizó 21 individuos mediante captura de 1,24 millones de SNPs y secuenciación Illumina. Tras validar la autenticidad del ADN antiguo, los científicos aplicaron algoritmos de mezcla y proyecciones en componentes principales. Las pruebas estadísticas ubican al grupo de Checua como rama basal que se desprendió tempranamente de los primeros colonizadores del sur del continente.
Para verificar el hallazgo, los autores construyeron grafos de mezcla (qpGraph) y modelos TreeMix que exploraron posibles flujos génicos. La única topología con ajuste robusto sitúa a los cazadores de Checua como parientes lejanos, sin contribuciones detectables a linajes posteriores. Además, el análisis de segmentos idénticos por descendencia mostró tamaños efectivos de población tres a ocho veces menores que los de las sociedades agrícolas posteriores.
Estos métodos de paleogenómica, combinados con fechados radiocarbónicos directos, permiten correlacionar la cronología genética con los eventos culturales. Así se comprueba que la introducción de la cerámica Herrera representa la llegada de un nuevo componente humano, mientras que el linaje original se extinguió o diluyó por completo.
Consecuencias para la historia sudamericana
Descubrir un linaje humano desconocido en Colombia obliga a revisar la narrativa de poblamiento. En lugar de procesos lineales y uniformes, los datos sugieren mosaicos demográficos, con oleadas que se superponen, reemplazan o mezclan en distintos momentos. Este patrón coincide con la dispersión de lenguas y tecnologías, como las cerámicas tempranas o la domesticación de cultivos.
El vínculo genético entre la cerámica Herrera, los antiguos panameños y los chibchanos modernos refuerza la hipótesis de migraciones bidireccionales a través del istmo. Como argumenta Moreno‑Mayar et al. (2018), estas rutas habrían favorecido intercambios culturales que luego diversificaron los grupos andinos y mesoamericanos.
Para la arqueología colombiana, el estudio aporta una herramienta objetiva para rastrear movimientos de población, complementando la evidencia material. Al mismo tiempo, invita a ampliar los muestreos hacia regiones vecinas —Ecuador, Venezuela y Caribe— para captar la complejidad de las interacciones prehispánicas.
Relevancia científica y social
Conocer la riqueza genética perdida aporta perspectiva sobre la resiliencia y las vulnerabilidades de las sociedades antiguas. También invita a las comunidades actuales a reflexionar sobre la pluralidad de sus raíces. Los autores del estudio trabajaron en colaboración con la Guardia Indígena Muisca, resaltando que la identidad cultural no depende exclusivamente de la genética.
En el plano científico, el hallazgo impulsa el desarrollo de paneles de SNP específicos para poblaciones americanas, de modo que futuros estudios capten variaciones hoy invisibles. Además, refuerza la importancia de preservar colecciones osteológicas y contextos arqueológicos, únicas puertas al pasado biológico.
Para la sociedad en general, esta historia muestra cómo la ciencia puede revelar capítulos inéditos de la humanidad y fomentar el respeto por la diversidad. Saber que existió un linaje humano desconocido en Colombia hace 7.000 años añade profundidad al patrimonio cultural y subraya la necesidad de proteger sitios arqueológicos frente a la urbanización.
Hubo intercambio genético entre Neandertales y Humanos durante 7.000 años, según estudios recientes.
En conclusión
El análisis genómico de individuos precerámicos del Altiplano Cundiboyacense ha sacado a la luz un linaje humano desconocido en Colombia, divergente de otros grupos sudamericanos y sin descendencia documentada. Su desaparición, seguida por la llegada de poblaciones asociadas a la cerámica Herrera, ilustra cómo los cambios culturales pueden reflejar reemplazos biológicos.
Estos hallazgos destacan la dinámica compleja del poblamiento de Sudamérica, con rutas de ida y vuelta entre el istmo centroamericano y los Andes. También demuestran la potencia de la paleogenómica para descubrir historias ocultas y complementar la arqueología tradicional.
- Krettek, K.‑L., Casas‑Vargas, A., Mas‑Sandoval, A., Arias Alvis, L., Reiter, E., et al. (2025). A 6000‑year‑long genomic transect from the Bogotá Altiplano reveals multiple genetic shifts in the demographic history of Colombia. Science Advances. DOI: 10.1126/sciadv.ads6284
- Posth, C., Nakatsuka, N., Lazaridis, I., Skoglund, P., Mallick, S., et al. (2018). Reconstructing the deep population history of Central and South America. Cell. DOI: 10.1016/j.cell.2018.10.027
- Moreno‑Mayar, J. V., Vinner, L., de Barros Damgaard, P., de la Fuente, C., Chan, J., et al. (2018). Early human dispersals within the Americas. Science. DOI: 10.1126/science.aav2621